起こったこと
Mozc はもちろん「英数」キーにちゃんと対応する機能が割り当てられています。
また、少なからずの人が Caps Lock を Ctrl に割り当てなおすと思います。
日本語キーボードは Caps Lock に「英数」が割り当てられているわけですが、 gnome-tweaks で Ctrl-Caps を入れ替えていると、Caps Lock を押した際の「英数」キーはまだ生きているようなのです。
私は普段「英数」キーを使った試しがなく、Mozc のキーアサイン設定のページから軒並み英数に関わる項目を削除しました。
今の所特に問題ないです。